Stroški izgradnje male komunalne čistilne naprave se delijo na investicijske stroške in stroške obratovanja in vzdrževanja.
Stroški nabave in vgradnje dobre male komunalne čistilne naprave na našem trgu znašajo med 3.000 do 3.500 € za 5PE. Cena vgradnje lahko odstopa glede na težavnost izkopa oz. težavnost montaže. Cena stroškov zagona in prevzema v evidenco je omejena na izdelavo ocene obratovanja male komunalne čistilne naprave ali izvedbo prvih meritev in stroške vpisa v evidenco izvajalca javne službe. Investicija vključuje stroške gradbenih, zemeljskih, monterskih in zaključnih del. V investicijo je vključena tudi priključitev oz. prevezava hišne kanalizacije na predvideno individualno (skupno) malo komunalno čistilno napravo (oziroma nepretočno greznico). V investicijske stroške mora biti zajeta tudi ureditev odtoka očiščene odpadne vode.
Pri izračunu stroška je tako treba upoštevati vse vzdrževalne in obratovalne stroške, kot so predvidena življenjska doba malih komunalnih čistilnih naprav, okoljska dajatev za obremenjevanje okolja s komunalnimi odpadnimi vodami, strošek električne energije, strošek čiščenje in odvoz odvečnega blata, razdalja transporta odvečnega blata in letni servis komunalne čistilne naprave.
Možnost sofinanciranja izgradnje
Namen dodeljevanja proračunskih sredstev za nakup male komunalne čistilne naprave je pospešiti izvedbo sistemov za odvajanje in čiščenje komunalnih odpadnih voda, ki zagotavljajo zaščito okolja v skladu z veljavnimi okoljskimi standardi, na območjih, ki niso opremljena z javnim kanalizacijskim omrežjem oziroma niso predvidena za opremo z javnim kanalizacijskim omrežjem. Vendar pa je za pridobitev sofinanciranja treba izpolnjevati določene pogoje. Čistilna naprava mora imeti certifikat oziroma listino skladnosti izdelka z zahtevami glede doseganja mejnih vrednosti parametrov odpadnih vod, kot jih predpisuje Uredba o emisiji snovi pri odvajanju odpadnih vod iz malih komunalnih čistilnih naprav. Lokacija male komunalne čistilne naprave mora biti dostopna za vozila, za praznjenje in odvoz vsebine. Vlagatelj mora imeti z izvajalcem gospodarske javne službe sklenjeno pogodbo o praznjenju in odvozu vsebine kot tudi poravnane vse obveznosti do občine.
Znižanje okoljskih dajatev
Okoljska dajatev je plačilo za onesnaževanje okolja. Uporabnikom malih komunalnih čistilnih naprav se zniža plačilo okoljske dajatve za 90 %, če njihova mala komunalna čistilna naprava obratuje v skladu z zakonodajo in je za naprave do 50 PE izdelana pozitivna ocena obratovanja.