V malih komunalnih čistilnih napravah do 2000 PE se komunalna odpadna voda zaradi njenega čiščenja obdeluje z biološko razgradnjo:
- S prezračevanjem v naravnih ali prezračevalnih lagunah.
- V bioloških reaktorjih z aktivnim blatom.
- V bioloških reaktorjih s pritrjeno biomaso.
- Z naravnim prezračevanjem s pomočjo rastlin.
Čistilna naprava bo svoje delo dobro opravila le, če bodo dosledni in upoštevali pogoje njene uporabe. Vedeti namreč moramo, kaj ne sodi v čistine naprave. V to kategorijo sodijo različne krpe in tkanine, osvežilni robčki, palčke za ušesa, damski vložki in tamponi, lasje, jedilno in drugo olje, ostanki hrane, agresivna čistila in dišave, strupi, zdravila, gnojnica, odpadne vode iz predelave mleka, klavnične odpadne vode, ostanki barv in lakov, naftni derivati in industrijska odpadna voda.
Poznamo 3 stopnje čiščenja komunalnih odpadnih voda na večjih napravah. V primarni fazi se odpadne vode grobo mehansko očistijo in znebijo različnih delcev (veje, listje, odpadki …). S posedanjem se odstrani pesek, posnamejo maščobe, z dodatkom posebne kemikalije pa se raztopljene snovi v vodi povežejo v večje kosme, ki se nato po intenzivnem mešanju usedejo v mulj.
Sledi sekundarna stopnja čiščenja, ki jo imenujemo tudi biološka razgradnja organskih spojin in poteka v sekundarnem usedalniku. Predhodno se v prezračevalnem bazenu v odpadno vodo vpihuje zrak, ki omogoča delovanje aerobnim mikroorganizmom. Ti predelajo organske snovi iz odpadne vode in se nato združujejo v večje kosmiče, ki se imenujejo biološko blato.
V terciarni fazi čiščenja poteka biološko odstranjevanje mineralnih spojin (dušik in fosfor) s pomočjo anaerobnih mikroorganizmov. V terciarnem usedalniku se useda biološko blato. Očiščena odpadna voda se lahko pred izpustom v vodotok še dezinficira z dodatkom klora, presvetli z UV svetlobo ali prečrpa skozi posebne membrane.