V hišno biološko čistilno napravo sodi odpadna voda, ki vsebuje predvsem organske snovi, saj biološke čistilne naprave delujejo na osnovi mikroorganizmov, ki razgrajujejo organske snovi v odpadni vodi. Zato moramo biti pazljivi, da v ta ekosistem ne zaidejo stvari, ki tja ne sodijo, saj lahko motijo biološki proces čiščenja ali celo poškodujejo napravo.
V hišno biološko napravo torej sodijo odpadne vode iz gospodinjstev, kar vključuje odpadne vode iz kuhinje, kopalnice in WC-jev. Te vode vsebujejo predvsem organske snovi, kot so maščobe, proteini, ogljikovi hidrati in druge razgradljive snovi, ki jih mikroorganizmi v biološki čistilni napravi učinkovito obdelujejo. Prav tako je primerna čista odpadna voda brez trdnih delcev. To je voda, ki je bila že delno očiščena večjih trdnih delcev, kot so na primer ostanki hrane.
Tudi blato iz wc školjke je ustrezno, saj vsebuje organske snovi, ki so primerne za biološko razgradnjo v napravi. Biološki procesi v čistilni napravi omogočajo razgradnjo teh snovi na varne in manj škodljive elemente. Brez skrbi smo lahko tudi glede vode, ki jo uporabimo pri pranju posode z ustreznimi ekološkimi čistili. Pomembno je le, da ne uporabljamo agresivnih sredstev za pranje posode in da poskrbimo za predčasno odstranitev večjih količin maščob in olj, ki bi lahko zamašila sistem v domači biološki čistilni napravi.
V hišno biološko čistilno napravo torej ne sodijo večje količine maščobe, olja in vosek, saj z morebitno zamašitvijo cevi in filtrov zmanjšamo učinkovitost naprave, kar lahko vodi tudi do poškodb na opremi. Naj omenimo še kemikalije, kot so »običajna« čistila, pesticidi, topila, barve in druge strupene snovi ter farmacevtske odpadke, kot so zdravila in hormoni, saj lahko ubijejo mikroorganizme, ki so ključni za biološke procese čiščenja.
Poškodbe sistema ali njegovo zamašitev lahko povzročijo tudi trdni materiali, kot so plastika, kovine, papir in tekstil, pa pesek, kamenčki in gradbeni material, različna dezinfekcijska sredstva, kot so klor in belilo ali prekomerni ostanki hrane, kot so trdi delci, kosti ali lupine.
Zavedanje, da procese v čistilni napravi poganja skupek zelo koristnih živih organizmov, tudi narekuje odnos do same čistilne naprave. Kar v večjih količinah škodi nam ali pa nas zastruplja, škodi in zastruplja tudi “čistilno napravo”. Pa še na nepredvidenih stroških za ponovne zagone naprave ali izven garancijsko servisiranje privarčujemo.